А ты на практике пробовал, или это просто предположение? Просто для завершения миссии нужно передать управление кораблем одному человеку, второй, следовательно, остается без корабля - и задание не засчитывает.
Да, проверял несколько раз. Засчитываются обе миссии за доставку одного корабля.