Может быть ошибка не в моде сюжетов а в моде кораблей? Если изменены скрипты генерации кораблей то могут не генерится требуемые для миссии ксеноны?
В этой миссии следить надо за пиратской Новой Рейдер, с ксенонами можно вообще не связываться - это не влияет на прохождение. А сюжетная Пиратская база в Неизвестном секторе к востоку от Штаба PTNI сгенерилась?