Вопрос в том, есть ли миссии, которые именно при сдаче(А не в процессе выполнения) повышают торговый или боевой рейтинг?
Нет.
Миссии, сами по себе, не влияют на боевой или торговый рейтинг (к повышению этого рейтинга иногда приводят действия игрока, сопутствующие выполнению миссии, например, покупка какого-либо товара для доставки или уничтожение корабля).