У таких кораблей надо зайти в консоль управления (Ctrl + C) и снять галочку "не показывать в меню собственности". При покупке/захвате нового корабля лучше это сделать сразу.
Я покупаю 10 кораблей одновременно и у всех разные галочки? Да и вообще я не видел такого???!!! в списке.