При правильной установке этого быть не должно! По твоему описанию вроде всё хорошо, но мод установлен явно криво! Вот это не понял - scripts с заменой файлов - в папке scripts мода все скрипты новые, менять нечего. Проверь ещё раз порядок установки. И ещё - это ты делал после установки мода? - Загрузить последнее сохранение. - Сохранить игру. - Выйти из игры, загрузить новое сохранение.
С заменой файлов у меня 10.cat и 10.dat были (их при удалении игра не стерла) После установки мода я делал: загрузка\сохранение\выход, загрузка. Единственное я продолжал игру, а не начинал новую (хоть и написано начинать новую не обязательно) P.S. Я считаю это из-за "слегка" битого сохранения (версия в которых он сохранен-до кумулятивного патча 121 после 2.5)