Есть два способа. 1. Катапультируешься из корабля и вручную чинишь его ручным ремонтным лазером (им вооружён скафандр). Это очень медленно, зато бесплатно и доступно в любом месте.
2. Стыкуешься с верфью, заходишь в радел торговли, там в верху списка будет название твоего корабля (выделено зелёным цветом). Вбираешь его и тычешь в купить (стрелка вправо или клик левой кнопой мыши вправо от текущего положения прогрессбара). Если денег хватит, то корабль починится весь, если нет — то на максимально возможную сумму. Починка мгновенная.