Никакой неверно заданной программы. Сделано это было намеренно, в программу был внедрен вредоносный код. Если не нравится слово "вирус", его можно не использовать. Суть от этого не меняется.
в самом начале игры говорилось, что ксеноны повышают свой интелект снова и снова. А огромные военные корабли нужны потому что у врагов появляются более сильные машины, способные порозить эти вёдра с гайками. Естественно им нужен терраформинг планет, и чтобы к ним пробиться, нужны корабли, которые превосходят врага в силе. Типа качество на количество