Опилотить можно, установив Торговый Программный Модуль 3-й модификации (ТПМ-3), это позволит кораблю осуществлять торговые операции самостоятельно. Подробнее требования для этого многократно описывались в этой ветке, а также имеются а F.A.Q. В остальном отличий корабля с нанятым пилотом и без него никаких.
Это если речь идет о транспортах. А истребители и прочие боевые корабли не нужно пилотить. Просто оттащи их в ближайший док оборудования и забей их под завязку различными программными модулями, в первую очередь - боевыми: БПМ-1 и БПМ-2. А потом можешь ими дистанционно управлять посредством отдачи приказов ИИ, который и будет управлять кораблем. Чем больше различных модулей - тем больше приказов