На захваченном корабле может находиться оружие, а может и ничего не быть. Это дело случая. Попробуйте поперезагружаться с того момента, как десант попадет в корабль (об этом сохранении говорилось выще).
Хочу добавить небольшой комментарий вот к этому пункту монограммы уважаемой Совы. Если потеряли одного или нескольких десантников при абордаже, то да, загружаться нужно с попадания десанта на корабль (гибнут при "прохождении" палуб корабля), но если все десантники остались живы, а есть желание получить "трофеи" с корабля, то достаточно перезагрузится с начала взлома центрального компьютера. Именно таким образом "снабдил" себя зажигательными бомбометами с пиратских кораблей.
