У меня было что-то подобное, когда таскал ресурсы на Узел. Не помню уже точно какой именно ресурс, но транспорты (а было их три штуки) периодически начинали таскать туда только 10-20 единиц ресурсов, хотя трюм был пустой. Начинал таскать "руками", через некоторое время опять ставил "на автомат" и они опять таскали нормально, а потом по-новой... причем была фигня эта у всех транспортов.
вот вот и я об этом. ну ладно. жаль конечно. что высокие умы кот тут переодически тусуються и пишут моды со скриптами, не поправили такую оплошность.