Подлети к базе поближе - сканирование начнется автоматически. Сканер С-2, также как и Сканер С-3 - радары. Для сканирования астероилов надо купить сканер астероидов.
Есть еще биосканр и сканер грузов. Скорее всего ему это и нужно. Пиратские базы это большие корабли, по идее сканер грузов и должен на нее сработать, также как на обычный корабль.