Мораль похоже качается при удачных профильных действиях. Победить в бою, хорошо поторговать и пр. Только долго это все. Как вариант, если очень нужно, и такие действия не противоречат убеждениям - покупать самые дешевые кораблики в минимально необходимой комплектации с одним капитаном. Капитана забирать, корабль продавать. Так и намыть высокоморальный контингент. Заодно и с пилотажем, который тоже качается тяжело.
Я попробовал. Из 10 купленных пачкой элит общей стоимостью 2,7кк три пилота с 3 моралью и 1 с 4. Продал корабли за 2кк. Сейчас всех четверых посадил инженерами, буду заставлять ремонтировать корабли))) Так что премного благодарен за совет)) Еще интересно, зависит ли прибавка скила каждому от количества инженеров, ремонтирующих объект. Или тут вообще время ремонта имеет значение...