Мораль похоже качается при удачных профильных действиях. Победить в бою, хорошо поторговать и пр. Только долго это все. Как вариант, если очень нужно, и такие действия не противоречат убеждениям - покупать самые дешевые кораблики в минимально необходимой комплектации с одним капитаном. Капитана забирать, корабль продавать. Так и намыть высокоморальный контингент. Заодно и с пилотажем, который тоже качается тяжело.
А что, у капитанов изначально мораль прокачана? Что-то я не замечал...
