Не только у тебя, и это не баг. Фабрики затаривай ресурсами и сиди жди когда сделают (1шт за полтора часа), если фабрик нет нигде, то строй свою. Также, если репутация не важна, можешь их из кораблей выбивать (лучше конечно из боронских).
Я бы построил свой завод ионных излучателей, но его даже нет в списке на боронских верфях.
