Править надо в старшем .cat или в папке types в корне игры. Некоторые параметры изменятся при покупке/захвате нового корабля.
Спасибо за совет про последний кат. Поставил X3TCUpdate_3.4+ТОТТ 1.5.2 поменял значения в папке модс и в 16сат грузавого трюма на 5000 на Нове Прототип сидя в ней и всё сраслось. Значит мод АМТ не даёт корректировать через программу.