Примечание: корабль становится виден после захвата только в игре, пропатченной до версии 2.7 (и выше), в ранних версиях (ниже 2.7) корабль после захвата остается невидимым для радаров; но, если его разобрать на чертежи, а потом наладить производство Аранов в своей ШК - новые корабли не будут обладать этим свойством невидимости для радаров.
Цитата из той статьи. Таки да, дело в версии игры.