Можно ли как-то в автоматическом режиме оснастить группу из 20 кораблей одинаковыми апгрейдами, включая апгрейд двигателя, расширение грузового отсека и разные модули типа сканеров и транспортеров если они не продаются вместе с кораблями на верфи?
Можно, объединяешь корабли в звено и берешь быстрый корабль, например Пустельгу с установленным в ней "Программным модулем снабжения". Делается это при помощи команды "Специальные > Пополнить припасы кораблей > Техника > Нужный модуль". Но делать это лучше все равно в одном секторе с доками, так что звено лучше туда перегнать, а если уже перегнал, то быстрее стыкануть звено к докам и в ручную затарится. А по поводу модернизации трюм/скорость/поворот, то их можно на любой торговой станции сделать, которые есть почти в каждом секторе.