Причин модет быть много. Например в отсутствии или устаревшей версии net framework или microsoft visual c++ А ещё удалите X3 Mod Manager - он вам ни к чему если у есть X3 editor 2. О том как устанавливать моды можно прочитать здесь https://x3tc.net/x3_forum/?tid=69