Что имеем: работа ночью с ноутбуком на полу в абсолютно темной комнате (нет, что-то из этого изменить нельзя).
Значит нада думать как что-то менять. Основной секрет как не посадить зрение - это не гробить его.
По яркости, я где-то 50 на 50 ставлю (ярк/контр). Расцветку сайта вполне нормально при этом читаю.
Попробуй уменьшить яркость, но поиграть контрастом между текстом и фоном. К примеру скачай AlReader 2 (если вдруг нет) и посмотри удобнее ли тебе в нем читать. И да, шрифт должен быть нормального размера.
