Выкинуть плугин-манагер на помойку и ставить все моды в незапакованном виде или методом фальшивого патча.
А еще матчасть поизучать на предмет совместимости модов. Несколько корабельных модов - это несколько файлов TShips. А ресурсы в игре - они как в фильме "Горец": должен остаться только один. Работает только последний.
И как же мне эти корабли получить в виде незапакованного мода, если они в .xsp?