Стыковочный узел устанавливается по выбору игры, а не в указанной игроком точке, в том случае, если в этой самой желанной точке его расположить невозможно физически, например, вследствие недопустимых углов соединений. Просто отодвигайте узел подальше от станций и шахт. Это целесообразно еще и с точки зрения стыковки для неписей: уж очень пилоты у них криворукие попадаются, так и норовят разбить свои корыта о ваш комплекс. А это чревато.