Устанавливал в ручную путем копирования файла setup.amurph0.ATF в папку scripts и addon/scripts. В чем может быть проблема?
Начнем с того, что вы не определились, в какую игру вообще играете - АР или Земной конфликт. Скрипт вы благополучно всадили в папки скриптов обеих игр, а играете-то в какую? А для какой из них скрипт предназначен? А редактор скриптов вообще активирован?
