Вот уж не помню, что там за таймер, но помню, что на время ремонта корабль "уходит" из собственности игрока. Если вопрос ещё не решился, посмотрите в графе "пристыкованные", нет ли его под "синим флагом"?
ни во время ремонта ни после его нет( а должен он быть пристыкованным или в меню собственности во время ремонта? если нет то всё очень плохо