Ничего не оставят, будут таскать батареи, пока не кончатся. Отрегулировать можно либо установив Бонус-пак (там есть такая возможность), либо подобрав корабль с таким объемом трюма и скоростью, чтобы не успевал вывозить батареи быстрее, чем они производятся.