...Обнаружил у себя корабль "дизиртир"... Отправил в ШК, и поставил в очередь обратной инженерии. А через некоторое время обнаружил ее на ШК синей...
Судя по ТС. Поставили Вы её в очередь на ремонт, а не на обратную инженерию. Когда кораблик отправляется в ремонт, то он перестаёт быть доступным для игрока. Отремонтировавшись зеленеет.
