Ну по идее флагманом должен быть М1, так как именно он обычно самый сл...

Ну по идее флагманом должен быть М1, так как именно он обычно самый сложный, мощный и дорогой корабль во всем флоте.

Я стараюсь делать так:
5-10 (М1 Один + 20-30 М3+) - патруль сектора с комплексами;
10-20 (М2 Тир + 2 М7 Агамемнон) - удержание врат в сектора ксенонов/пиратов;
М7 Пантера - сбор трофейных кораблей;
М7М Кобра и М7М Скирнир - корсар и убийца соответственно.

По ходу игры эти корабли у меня практически не пересекаются (только М7 Кобра встречается со всеми остальными кораблями в процессе их приобретения ), так как задачи у них совершенно разные.

Я из всего этого "большого" флота летаю чаще на М7 Кобра (около 5-10% времени), затем на М7 Скирнир (1-2% времени). Все оставшееся время я летаю на М6 Гиперион Агрессор (ну а так как флагман - это обычно корабль игрока, то в итоге роль флагмана у меня выполняет М6, а М1 и М2 не у дел. ).