Решил нарисовать скрипт, который телепортирует игрока на флагман при взрыве управляемого корабля. Чтобы не набирать код обрисую в общих чертах: с задержкой в 10 миллисекунд циклично проверяется состояние корабля, и как только оно становится равно нулю игрок пинается восвояси на флагман. Работает отлично - я в 100% случаев оказываюсь на флагмане до появления гамовернейшей надписи на экране.
Попробуйте поставить проверку хула корабля > 0, т.е. если хулл<10-20% мах -> телепорт. В случае с 0 хуллом движок может не успеть просчитать что вы покинули корабль.