Все логично и правильно. У захваченного перевозчика не сбрасывается та команда, которую он выполняет в момент передачи управления. Если это команда "следовать в сектор установки станции...", то она и прекращает свое действие в момент прибытия в этот сектор (что я и пытаюсь объяснить уже в который раз - этот способ точно стопроцентный). В Вашем случае, если Вам удалось поменять команду на "атаковать игрока" и продержать ее до передачи управления - она сбрасывается, поскольку атаковать самого себя корабль не может. Вот только вопрос, мажно ли стопроцентно заагрить ТЛ, перевозящий станцию.