Но есть такая особенность (в АП, по крайней мере): если после достижения положительной репутации враждебный объект (проверялось на лазерных башнях) поместить в зону действия сканера удаленного корабля, и после этого открыть карту сектора - то он меняет знак. Возможно, в Вашем случае сработал этот механизм.
Ничего такого я не делал, а спутник повесил лично при последнем посещении сектора. К слову - ШК изначально была синяя (по моему в АП она всегда такая, если только не обстреливать ее и не воевать с Герцогом), а куча кораблей были красные.
