...В ТС это не работало и там нужно было всячески ухищряться, чтобы получить доступ к ШК.
Репутация у Герцога и в TC была одна с расой Пират. Но после ее повышения до положительной красные объекты (уже враждебные игроку) знак не меняют, лояльны только сгенерировавшиеся при положительном рейтинге. Поэтому приходилось ШК взламывать и ждать, пока параниды флот вынесут (новый появлялся уже синим). Но есть такая особенность (в АП, по крайней мере): если после достижения положительной репутации враждебный объект (проверялось на лазерных башнях) поместить в зону действия сканера удаленного корабля, и после этого открыть карту сектора - то он меняет знак. Возможно, в Вашем случае сработал этот механизм.