В силу того, что сейчас реализовано случайное изменение координат секторов в которых генерируются корабли из состава мода (в дополнение к случайному изменению координат при генерации), их местоположение при каждом начале новой игры будет значительно отличаться.
Надеюсь вы не забыли добавить в исключение генерирование кораблей в секторе Земля, кому то может "повезти" и кораблик сгенерится там за лазерными башнями, а за ним туда ни на чем не прорвешься.