Лично я делал так: выбирал нужные мне корабли( количество на ваше усмотрение), каждому кораблю, в командной консоли, указывал ведомый. Затем давал приказ: всем ведомым в секторе защищать корабль. Корабль выбираете по своему усмотрению. У меня это был гиперион, он патрулировал сектор, а ведомые( М3 или М4 ) следовали за ним. Другого способа я не нашел.
В бонус паке были скрипт создания группы и скрипт для горячих клавиш. А вообще что мешает взять несколько M и отдать приказ защищать ведущего?