если честно подумаваю об этом все сюжетные линии прошёл остался узел и штаб квартира жаль начинать за но го
Переустановка игры никак не связана с новым стартом: сейвы при переустановке не уничтожаются. Ну а на всякий случай можно их и скопировать, раз уж найдены.