иерархию я тоже не помню, но прокачка пилотов начинается обычным учеником и именно с внешнего снабжения. Врагов ты можешь и невидеть ( не попадают в радиус действия сканера). Причем наличие врагов проверяется не только в секторе нахождения снабженца, но и в том секторе куда он собирается лететь. Посмотри журнал сообщений ( если ты их не отключил в настройках снабженца). Условия поставки не трогал? Если изменял то лучше верни по умолчанию. Это самый оптимальный вариант.
Спасибо, разобрался. Дело действительно было во врагах, которых я не принимал в расчет т.к. думал что поскольку они далеко, то и вреда от них никакого и транспорт должен ехать по своим делам.