Лучше как в Distant Worlds, там модульность просто потрясает.
В любом случае - вместо того, чтобы городить несколько 3D моделей кораблей разных модификаций (Охотник Тяжеловоз, Охотник Страж, Охотник Рейдер и проч.) лучше сделать один базовый корабль (рассмотрим того же Охотника), а его модификации будут получаться "навешиванием" различных "присадок". Поставил более мощные двигатели - возрасла скорость (Рейдер), но также возрасла нагрузка на энергогенератор щитов и оружия. Навесил брони и щитов (Страж) - упала скорость и уменьшилось место в трюме. Добавил пару подвесных контейнеров (Тяжеловоз) - ну вы понели... И так далее.
Определённая экономия информационного места, ресурсов компьютера и удобство для игроков. Да допустим на Усовершенствованный Охотник можно нацепить два "улучшайзера" - будет повод игроку поискать такие кораблики.