Можно корабли-разведчики отправить (лучше всего Пустельга для этих целей - быстрее всех справится). Сначала командуете им пролететь через врата, ведущие в неисследованный сектор, потом - "Нанести на карту сектор" (на корабль следует установить Исследовательский программный модуль).