Возможно, поможет выставить команду "Защищать станцию", тогда корабль не должен трогать тех, кто не покушается на жизнь станции/комплекса.
Если поставить эту команду, то нужно указать какую станцию, а это головной модуль(в случае с комплексом). Вот они и будут охранять только "головной модуль". А на корабли атакующие отдельные станции комплекса (что чаще всего и случается) не обратят внимание.
