...слышу фразу "автопилот включен" в строке команда появляется команда абордажа, но десант сидит в корабле...
Я тоже абардажу через автопилот. Чтобы избежать этот момент, выбрасывай десант на расстоянии 200-300 м от цели на параллельном курсе (т.е. идя "в лоб" или обгоняя). В этом случае десант в большинстве случаев выпрыгивает сразу, а управление берёшь на себя.
