При захвате Гипериона пропадает желтый кристалл, переигрывал много раз и результат прежний. После захвата приходит сообщение лететь в неизвестный сектор, подбираю второй кристалл, после чего Гонер в храме спрашивает «где желтый кристалл» при этом прилетал на Гиперионе и на корабле на котором захватывал, результат один.
Попробуй уничтожить корабль, кристалл выпадет, я эту миссию так прошел)