При деинсталляции игры удаляются не все файлы и папки. В частности, сейвы и игровые профили не удаляются. Поэтому, кстати, бэкап сейвов при переустановке игры делается лишь на всякий случай. Если не произойдет непредвиденных вещей, сейвы просто останутся на месте.
И когда игра переустанавливается с целью выноса последствий устанавливавшихся скриптов и модов, после деинсталляции нужно зайти в каталог игры и поудалять вручную лишнее из того, что оставил деинсталлятор. Папки 'director", "t" и "scripts" - в первую очередь.
У меня ситуация возникла деликатная, сейчас опишу в тех. проблемах.