Кто-нибудь, в реестре пройдите по пути HKEY_CURRENT_USER\Software\EGOSOFT\X3TC и у ключа GameStarts измените значение на 3fff или ffff. Откроются стартовые позиции. Поумирайте там, вдруг и вправду все сейвы сотрутся
[Из-под стола] Чтобы войти в реестр, нажмите Пуск > Выполнить, наберите regedit, и нажмите ОК. Предварительно сделайте бэкап сэйвов. Они лежат в папке Мои документы/Egosoft/X3TC/save...