Насчет читов - сюда. Для чистой игры либо проверяйте наличие системы жизнеобеспечения на кораблях, последняя ли у Вас версия, либо переигрывайте с сейва, сделанного до проблемной миссии.
Или попробуйте рестарт сюжета (но получите приписку "modified" в статистике).
