Собирать вручную. Вернее, разбить астероид с Нивидиумом, пригнать транспорты-сборщики (оборудованные спец.прогр. модулем и сборщиком руды) и дать им команду "Сбор астероидов в секторе". А сам больше там не появляйся, кораблями управляй удаленно - тогда Нивидиум не закончится.
