Если все делаешь правильно, т.е. команду отдаешь именно тому кораблю, а не своему, то просто перезапусти Игру. Да и комп перезагрузи для гарантии. Случается такое, что у скриптов крыша едет. Пару дней назад у меня галоторгаш затупил, удалось вылечить перезапуском игры, еще с навигацией случаются проблемы - насчет стыковки точно не помню, а вот с полетами и прыжками между секторами точно не всегда все гладко...
