В скрипт-редакторе какая-то странная система генерирования случайных вариантов, и если она "залипла" - игру надо перезапускать полностью.
И ето касается не только миссий, но и отображения текущей задачи корабля. К примеру у моих торгашей приписанных к комплексу что то замкнуло и писало всякий бред по типу: "Продажа...." а он покупал, "Патруль..." а он просто летел. При етом всё было норм. Рестарт - и начало писатся нормально.