После заполнения трюма, просто продаем корабль на ближайшей верфи.
Лучше так: После заполнения трюма, отправляем корабль на верфь, где перекладываем нивидиум в только что купленный дешёвый корабль, который и продаём. Не надо будет каждый раз оснащать новый корабль. При наличии прыжкового двигателя сборщик сможет быстро отвозить нивидиум и возвращаться к сбору в удалённых секторах.